《功夫小兔侠》讲述了一所神秘院校神府学校崛起。功夫学校师生为什么都一个个倒向神府学校？这所学校到底隐藏着什么阴谋？兔二和伙伴们又是如何化解这场危机的？...

打败熊霸之后，兔二（黄磊配音）被视为打败邪恶和维护正义的保护者而受到人们膜拜。被突如其来的声望冲昏头脑的兔二不再苦练武功，一心要行走江湖行侠仗义。某一天，兔二在河边救了玄火教的一位长老展天（王劲松配音），结果就此陷入一场阴谋之中。展天计划利用玄火教教主白兰（杨子姗配音）守护的上古圣物青黎吸收天地精华，练就魔功，称霸武林，他欺骗兔二，并利用其内功解除了圣物封印，打伤白兰夺走青黎。被欺骗的兔二深受打击...